滯留發票一般是指銷貨方對購貨方開具增值稅專用發票，而購貨方由于種種原因在規定期限內（180日）未將增值稅專用發票認證及抵扣的增值稅專用發票。
為降低稅收風險，稅務機關會構建滯留發票風險模型，對購貨方取得的增值稅專用發票未在180天內認證（而銷售方已抄報稅），且稅額>0的納稅人進行納稅評估。稅務機關認為滯留發票存在以下疑點：
1、賬外經營
部分納稅人隱瞞收入，采取購進貨物和銷售貨物均不入賬的手段偷逃稅款，對取得的進項專用發票不進行認證抵扣，形成滯留發票。
2、不慎丟失
部分財會人員將進項發票不慎丟失，為避免擔責，未向企業財務等有關部門報告，形成滯留發票。
3、不可抗力
出現地震、洪澇災害或者持有未認證的增值稅專用發票財會人員忽然死亡等客觀情況，形成滯留發票。
4、買賣糾紛
銷售方發票雖已開具但因合同糾紛（如：購貨方未支付貨款等）不予交付，造成購貨方超期未認證形成滯留發票。
5、未達要求
購貨方雖改為一般納稅人，但在小規模納稅人期間取得的增值稅專用發票不能抵扣。
6、不予抵扣
購進免稅貨物取得的增值稅專用發票不得認證；購進貨物用于非應稅項目的專用發票不得認證。
7、用途改變
購貨方取得增值稅專用發票后，在專票認證前將貨物用于非應稅項目，如發放職工福利等行為，自行將該發票不予抵扣認證，導致出現滯留發票。
企業存在滯留增值稅專用發票該如何處理？
1、企業因偷稅漏稅行為形成的直流發票，稅務機關開展稅務稽查，企業承擔相應的法律后果；
2、因發票遺失形成滯留發票：企業登報作廢，接受稅務機關相關處理，同時承擔相應后果；
3、因不可抗力形成的直流發票應在不可抗力消除后，立即上報主管稅務機關，待審核完畢后，允許納稅人繼續抵扣；
4、因買賣糾紛（如：購貨方未支付貨款等，銷售方不予購貨方發票）形成的滯留發票購貨方在拿到增值稅專用發票的同時，立即上報主管稅務機關，待審核完畢后，允許納稅人繼續抵扣；
5、購貨方對在小規模納稅人期間取得的專票，要求銷貨方重新開具普通發票；
6、購進免稅貨物取得的增值稅專用發票、購進貨物用于非應稅項目的專用發票購貨方先認證后作進項轉出。
如何避免形成滯留發票？
1、學習稅法，了解增值稅發票相關政策，對不屬于進項抵扣范圍的，根據情況換開增值稅普通發票或者先認證后轉出。
2、若遇見不可抗力、經濟糾紛等情況應及時上報當地稅務機關，避免疑點產生。
3、誠信經營，依法納稅！當然，稅務機關也應該良知監管，依法征稅。
